충청 호서지방의 동학군은 2세 교주 최시형의 명에 따라 경기 충청 강원 각지에서 봉기하여 보은 장내리 동학 대도소에 집결한 뒤 대통령(大統領) 손병희의 인솔로 논산을 향해 출발한다. 전봉준과 손병희가 논산에서 합류하여 결의형제를 맺는 한편, 전봉준을 총대장으로 추대하고 논산 소토산(小土山)에 대본영을 설치한다. 소토산의 위치를 두고 이견이 있지만, 평야지대인 논산에서 어느 특정한 산을 지칭하기보다 ‘작은 흙산’이라는 보통 명사의 지역으로, 정황으로 천주교회가 들어선 당재가 유력하다는 주장이 있으나 이도 확실하지는 않다. 당시 연합군의 군세는 10만 혹은 20만이라는 기록이 있지만 여러 정황으로 미루어 2만 명 설이 유력하다. 10월 17일, 전군의 두령들을 모아 작전계획을 세우고, 동학연합군은 20일 미명을 기하여 연합군은 공주 성을 함락하기 위해 경천 방면으로 진출한다.